交通运输是物流的基础环节和依托载体，是物流业最重要的组成部分。目前，我国物流业仍处于以传统交通运输为基础的初级发展阶段，运输结构、运输组织、运输装备等发展水平深刻影响着物流业发展的总体水平。交通运输在推进物流业发展中具有十分重要的基础和主体作用，必须顺应时代发展要求，立足交通运输业，主动作为，着力推进物流业健康发展。
《指导意见》提出，要坚持“市场为主、政府引导，统筹规划、稳步推进，因地制宜、创新驱动，立足行业、协同发展”的基本原则，建设便捷高效、安全绿色的交通运输现代物流服务体系。具体体现在运输结构不断优化，运行效率和质量显著提高；市场主体快速成长，组织化程度大幅提升；科技引领作用增强，标准化、信息化水平明显提高；重点领域加快发展，专业服务能力明显增强；市场秩序进一步规范，发展环境明显改善为保障物流业健康发展工作的稳步推进，《指导意见》明确提出，要进一步完善部门协同机制，加强部门联动，协调解决物流业发展中面临的重点、难点问题。积极推动在各级政府层面建立交通运输推进物流业发展的组织体系，建立相应协调机制，加快形成多方协同推进的工作格局。
在政策支持方面，进一步研究制订推进物流业发展的有关政策，重点加强物流枢纽、物流信息化、运力结构调整、农村物流、多式联运、零担快运、中小企业联盟等方面的政策研究，鼓励先行先试、典型引领。积极争取中央和地方财政支持，加强财政资金的引导和带动作用，鼓励和规范民间资本进入物流领域